Johann Baptist Henneberg (* 5 décembre 1768 à Vienne ; † 27 novembre 1822 à Vienne) était un compositeur, pianiste, organiste et maître de chapelle autrichien.
Henneberg fut maître de chapelle au Freihaustheater de 1790 à 1801, puis au Theater an der Wien jusqu’en 1803. Il fut ensuite organiste du prince Nicolas II Esterházy de Galantha à Eisenstadt, où il dirigea également des opéras. À partir de 1814, Henneberg fut maître de chapelle à la Hofkirche de Vienne, et de 1818 à 1822, il fut également organiste à l’Orchestre de la Cour impériale.
Henneberg joua un rôle clé dans la production de l’opéra de Mozart, La Flûte enchantée. Après la première dirigée par Mozart les 30 septembre et 1er octobre 1791, Henneberg dirigea également les représentations suivantes. Henneberg a également créé lui-même plusieurs opéras, qui jouissaient d’une grande popularité à l’époque.
En 1797, il composa avec Ludwig van Beethoven des Menuets et des Danses allemandes pour un bal masqué de la Société de pension des beaux-arts, qui furent joués le 26 novembre 1797 dans la Grande Salle des Redoutes de la Hofburg de Vienne.