Johann Baptist Henneberg (* 5 dicembre 1768 a Vienna; † 27 novembre 1822 a Vienna) è stato un compositore, pianista, organista e maestro di cappella austriaco.
Henneberg fu maestro di cappella al Freihaustheater dal 1790 al 1801, e poi al Theater an der Wien fino al 1803. In seguito ottenne l’incarico di organista del principe Nicola II Esterházy de Galantha a Eisenstadt, dove diresse anche spettacoli d’opera. Dal 1814, Henneberg fu maestro di coro alla Hofkirche di Vienna e dal 1818 al 1822 fu anche organista dell’Orchestra di Corte Imperiale.
Henneberg ebbe un ruolo chiave nella produzione dell’opera di Mozart “Il flauto magico”. Dopo la prima diretta da Mozart il 30 settembre e il 1° ottobre 1791, Henneberg diresse anche le esecuzioni successive. Henneberg creò anche diverse opere liriche, che all’epoca godettero di grande popolarità.
Nel 1797 compose, insieme a Ludwig van Beethoven, Minuetti e Danze tedesche per un ballo in maschera della Società pensionistica degli artisti figurativi, che furono eseguiti il 26 novembre 1797 nella Grande Sala Redouten della Hofburg di Vienna.