Johann Baptist Henneberg (* 5 de diciembre de 1768 en Viena; † 27 de noviembre de 1822 en Viena) fue un compositor, pianista, organista y maestro de capilla austriaco.
Henneberg fue maestro de capilla del Freihaustheater de 1790 a 1801, y posteriormente del Theater an der Wien hasta 1803. Posteriormente, obtuvo el puesto de organista del príncipe Nicolás II Esterházy de Galantha en Eisenstadt, donde también dirigió representaciones de ópera. Desde 1814, Henneberg fue director de coro de la Hofkirche de Viena, y de 1818 a 1822, organista de la Orquesta de la Corte Imperial.
Henneberg desempeñó un papel clave en la producción de la ópera de Mozart, La flauta mágica. Tras el estreno de Mozart el 30 de septiembre y el 1 de octubre de 1791, Henneberg también dirigió representaciones posteriores. Henneberg también creó varias óperas que gozaron de gran popularidad en aquella época.
En 1797 compuso, junto con Ludwig van Beethoven, Minuetos y Danzas Alemanas para un baile de máscaras de la Sociedad de Pensiones de Bellas Artes, que se interpretaron el 26 de noviembre de 1797 en la Gran Sala Redouten del Hofburg de Viena.