Johann Baptist Henneberg (* 5 december 1768 i Wien; † 27 november 1822 i Wien) var en österrikisk kompositör, pianist, organist och kapellmästare.
Henneberg var kapellmästare vid Freihaustheater från 1790 till 1801, och sedan vid Theater an der Wien fram till 1803. Han fick senare en tjänst som organist åt prins Nikolaj II Esterházy de Galantha i Eisenstadt, där han även dirigerade operaföreställningar. Från 1814 var Henneberg körledare vid Hofkirche i Wien, och från 1818 till 1822 var han även organist i den kejserliga hovorkestern.
Henneberg spelade en nyckelroll i uppsättningen av Mozarts opera Trollflöjten. Efter att Mozart dirigerat premiären den 30 september och 1 oktober 1791 dirigerade Henneberg även efterföljande föreställningar. Henneberg skapade även själv flera operor, vilka åtnjöt stor popularitet vid den tiden.
År 1797 komponerade han, tillsammans med Ludwig van Beethoven, menuetter och tyska danser för en maskeradbal av Pensionssällskapet för sköna konstnärer, vilka framfördes den 26 november 1797 i Große Redouten-salen i Wiens Hofburg.