Johann Baptist Henneberg (* 5 december 1768 in Wenen; † 27 november 1822 in Wenen) was een Oostenrijkse componist, pianist, organist en kapelmeester.
Henneberg was van 1790 tot 1801 kapelmeester aan het Freihaustheater en vervolgens tot 1803 aan het Theater an der Wien. Later werd hij organist van prins Nicolaas II Esterházy de Galantha in Eisenstadt, waar hij ook operavoorstellingen dirigeerde. Vanaf 1814 was Henneberg koorleider aan de Hofkirche in Wenen en van 1818 tot 1822 tevens organist van het Keizerlijk Hoforkest.
Henneberg speelde een sleutelrol in de productie van Mozarts opera Die Zauberflöte. Nadat Mozart de première op 30 september en 1 oktober 1791 had gedirigeerd, dirigeerde Henneberg ook de daaropvolgende uitvoeringen. Henneberg creëerde zelf ook enkele opera’s, die destijds zeer populair waren.
In 1797 componeerde hij samen met Ludwig van Beethoven Menuetten en Duitse Dansen voor een gemaskerd bal van de Pensioenvereniging van Beeldende Kunstenaars, die op 26 november 1797 in de Grote Redoutenzaal van de Weense Hofburg werden opgevoerd.